Được thành lập năm 1998, là một trong những đội bóng bán chuyên nghiệp của Quân đội Nhân dân Việt Nam, có nhiều thành tích thi đấu.

Năm 2008, câu lạc bộ giành chức vô địch hạng Nhất, qua đó giành quyền thi đấu tại V-League 2009.

Tại V-League 2009, câu lạc bộ giành vị trí thứ 11.

Ngày 27 tháng 10 năm 2009, Bộ Tư lệnh Quân khu 4 đã quyết định chuyển giao đội bóng cho Ngân hàng thương mại cổ phần Nam Việt(Navibank) do ông bầu Nguyễn Vĩnh Thọ quản lý. Đội bóng sẽ mang tên NaviBank Sài Gòn và tiếp tục thi đấu ở V-League 2010 [1]. Các cầu thủ là quân nhân sẽ quyết định ra quân để khoác áo NaviBank hoặc tiếp tục ở lại trong quân đội, không theo đội bóng mới[2]. Tổng hành dinh của Câu lạc bộ được chuyển từ thành phố Vinh, Nghệ An vào Thành phố Hồ Chí Minh vào tháng 11 năm 2009.